Bojxona ekspertizasini oʻtkazish asoslari quyidagilardan iborat: bojxona organlari mansabdor shaxslarining bojxona ekspertizasini oʻtkazish toʻgʻrisidagi yozma murojaati; tergovga qadar tekshiruvni amalga oshiruvchi organ mansabdor shaxsining, surishtiruvchining, tergovchining, prokurorning yoki sudyaning qarori, sud ajrimi. Bojxona ekspertizasi quyidagi hollarda oʻtkaziladi: bojxona nazorati amalga oshirilayotganda tovarlarning bojxona rasmiylashtiruvini oʻtkazish jarayonida; Oʻzbekiston Respublikasi Tashqi iqtisodiy faoliyatining tovar nomenklaturasiga binoan tovarning tasniflanishi boʻyicha dastlabki qaror qabul qilishda; bojxona toʻgʻrisidagi qonunchilik buzilishining tasdiqlangan faktlari boʻlganda. Bojxona ekspertizasi bojxona organining binosida yoki, agar bu tekshiruv xususiyatiga koʻra zarur boʻlsa yoxud ekspertiza obyektini bojxona organining binosiga yetkazib berish imkoni boʻlmasa, boshqa joylarda oʻtkaziladi. Bojxona toʻgʻrisidagi qonunchilik buzilgan hollarda bojxona ekspertizasini oʻtkazish muddati oʻttiz kundan oshmasligi lozim. Bojxona ekspertizasining murakkablik darajasini aniqlashda quyidagi mezonlarni hisobga olish kerak: obyektning koʻpligi (tekshiruvga taqdim etilgan uchtadan ortiq obyekt yoki ikki yuz varaqdan ortiq ish materiallari); qoʻyilgan masalalarning koʻpligi (tekshiruvlar oʻtkazilishini talab etuvchi uchtadan ortiq masala); qoʻyilgan masalalarni hal etish uchun tajribalar oʻtkazishda texnologik reglamenti besh ish kunidan ortiq boʻlgan, koʻp mehnat talab etadigan usullarni va murakkab asbobsozlik vositalarini qoʻllash ehtiyoji; qoʻyilgan masalalarni hal etish uchun yangi hisob-kitob modellarini va tekshiruvning xususiy uslublarini ishlab chiqish zarurati; ekspertizaning komissiyaviy, kompleks yoki takroriy deb hisoblanishi; bojxona laboratoriyasi hududidan tashqarida turgan obyektlarning bojxona koʻzdan kechiruvi oʻtkaziladigan joyga chiqish yoxud tekshiruvni boshqa muassasalarning bazasida oʻtkazish zarurati; boshqa tashkilotlarning