Bojxona toʻlovlari bojxona organlarining qonunchilikka muvofiq shu maqsadlar uchun ochilgan shaxsiy gʻazna hisobvaraqlariga toʻlovchi tomonidan toʻlanadi. Bojxona organlari toʻlangan va undirilgan bojxona toʻlovlarining, shuningdek penyalar va jarimalarning hisobini bojxona organlarining axborot tizimidagi toʻlovchining shaxsiy hisobvaragʻida aks ettirish orqali yuritadi. Toʻlovchining shaxsiy hisobvaragʻini yuritish tartibi Oʻzbekiston Respublikasi Iqtisodiyot va moliya vazirligi bilan kelishilgan holda Oʻzbekiston Respublikasi Iqtisodiyot va moliya vazirligi huzuridagi Bojxona qoʻmitasi tomonidan belgilanadi. Toʻlangan bojxona toʻlovlaridan olingan mablagʻlar tovarlar chiqarib yuborilgan kundan yoki toʻlanishi bojxona rasmiylashtiruviga bogʻliq boʻlmagan bojxona toʻlovlari uchun bojxona organi tomonidan harakatlar yoki tartib-taomillar bajarilgan kundan eʼtiboran uch ish kuni ichida avtomatik ravishda bojxona organlari tomonidan Oʻzbekiston Respublikasining Davlat budjetiga oʻtkaziladi. Bojxona toʻlovlari, agar qonunchilikda boshqacha qoida nazarda tutilmagan boʻlsa, milliy valyutada toʻlanadi.