Qoraqalpogʻiston Respublikasi prokuraturasiga Qoraqalpogʻiston Respublikasi prokurori boshchilik qiladi, uning Oʻzbekiston Bosh prokurori tamonidan tayinlanadigan va ozod etiladigan birinchi oʻrinbosari va oʻrinbosarlari boʻladi. Qoraqalpogʻiston Respublikasi prokuraturasida Qoraqalpogʻiston Respublikasi prokurori (rais), uning birinchi oʻrinbosari, oʻrinbosarlari va prokuratura idoralarining boshqa xodimlaridan iborat tarkibda hayʼat tuziladi. Hayʼatning shaxsiy tarkibini Oʻzbekiston Respublikasi Bosh prokurori tasdiqlaydi. Qoraqalpogʻiston Respublikasi prokuraturasida boshqarmalar va boʻlimlar tuziladi. Boshqarma va boʻlimlarning boshliqlari, respublika prokurorining katta yordamchilari Oʻzbekiston Respublikasi Bosh prokurorining roziligiga binoan Qoraqalpogʻiston Respublikasining prokurori tomonidan lavozimga tayinlanadilar va lavozimdan ozod qilinadilar. Qoraqalpogʻiston Respublikasi prokurorining yordamchilari, boshqarmalar va boʻlimlarning katta prokurorlari hamda prokurorlari, alohida muhim ishlar boʻyicha tergovchilar va katta tergovchilar Qoraqalpogʻiston Respublikasi prokurori tomonidan tayinlanadilar va lavozimdan ozod qilinadilar.