Diniy tashkilotni roʻyxatdan oʻtkazish quyidagi hollarda rad etilishi mumkin, agar: diniy tashkilotning tashkil etilishi konstitutsiyaviy tuzumni zoʻrlik bilan oʻzgartirish, Oʻzbekiston Respublikasining suvereniteti, yaxlitligi va xavfsizligiga qarshi chiqish, fuqarolarning konstitutsiyaviy huquq va erkinliklarini kamsitish, urushni, ijtimoiy, milliy, irqiy hamda diniy adovatni targʻib etish, fuqarolarning sogʻligʻiga va xalqning maʼnaviyatiga tajovuz qilish maqsadini koʻzlagan boʻlsa; diniy tashkilotni tuzishning qonunda belgilangan tartibi buzilgan boʻlsa yoki taqdim etilgan hujjatlarda qonunchilikka nomuvofiqliklar mavjud boʻlsa; tuzilayotgan tashkilot diniy tashkilot sifatida eʼtirof etilmagan boʻlsa; taqdim etilgan taʼsis hujjatlarida atayin notoʻgʻri axborot mavjudligi aniqlangan boʻlsa. Roʻyxatdan oʻtkazuvchi organning diniy tashkilotni roʻyxatdan oʻtkazishni rad etish toʻgʻrisidagi qarori ustidan sudga shikoyat qilinishi mumkin.