Bojxona maqsadlari quyidagilardan iborat: bojxona chegarasi orqali tovarlar va transport vositalarini olib oʻtish, tovarlarni tashish, saqlash va qayta ishlashda bojxona toʻgʻrisidagi qonunchilikka rioya etilishini taʼminlash; bojxona toʻlovlari oʻz vaqtida va toʻgʻri toʻlanishini taʼminlash; iqtisodiy siyosat choralariga, bojxona rejimlarining talablari va shartlariga rioya etilishini taʼminlash; bojxona toʻgʻrisidagi qonunchilikni buzish hollariga chek qoʻyish va ularning oldini olish.