Bojxona organlari bojxona nazorati shakllarini qoʻllashda tanlab olish prinsipiga asoslanadi va bojxona nazoratining bojxona toʻgʻrisidagi qonunchiligiga rioya etilishini taʼminlaydigan shakllari bilan cheklanadi. Bojxona nazorati shaklini tanlash bojxona organining mansabdor shaxsi tomonidan belgilanadi. Bojxona nazorati amalga oshirilayotganda bojxona organlari bojxona toʻgʻrisidagi qonunchilik buzilishlarining oldini olish maqsadida, tekshirilishi kerak boʻlgan tovarlarni va transport vositalarini, yuridik va jismoniy shaxslarning hujjatlarini aniqlash, bojxona nazorati shakllarini va ularning qoʻllanilish hajmini tanlash uchun xavfni boshqarish tizimini qoʻllaydi. Bojxona nazoratining muayyan shakllaridan ozod etish Oʻzbekiston Respublikasining qonunchiligiga va xalqaro shartnomalariga muvofiq amalga oshiriladi. Bojxona nazoratining ayrim shakllarini qoʻllamaslik yoki ulardan ozod qilish yuridik va jismoniy shaxslar bojxona toʻgʻrisidagi qonunchilikka rioya etish majburiyatidan ozod qilinganligini anglatmaydi. Quyidagilar bojxona koʻrigidan oʻtkazilmaydi: Oʻzbekiston Respublikasi Prezidentining va Oʻzbekiston Respublikasi sobiq Prezidentining shaxsiy bagaji; Oʻzbekiston Respublikasi Oliy Majlisi Senati aʼzolarining va Qonunchilik palatasi deputatlarining, Oʻzbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasi aʼzolarining, Oʻzbekiston Respublikasi Oliy Majlisining Inson huquqlari boʻyicha vakilining (ombudsmanning) va Oʻzbekiston Respublikasi diplomatik pasportlari egalarining shaxsiy bagaji, agar mazkur shaxslar xizmat vazifalarini bajarishi bilan bogʻliq holda bojxona chegarasini kesib oʻtsalar; qonunga muvofiq boshqa mansabdor shaxslarning shaxsiy bagaji. Chet el harbiy kemalari, jangovar va harbiy-transport havo kemalari, shuningdek oʻzi yurib kelayotgan harbiy texnikasi bojxona koʻrigidan ozod qilinadi. Bojxona nazoratini oʻtkazishda insonning hayoti va sogʻligʻi, hayvonlar, oʻsimliklar uchun xavfsiz boʻlgan hamda tovarlarga va transport vositalariga zarar yetkazmaydi