Diniy tashkilotlarni roʻyxatdan oʻtkazish adliya organlari (bundan buyon matnda roʻyxatdan oʻtkazuvchi organlar deb yuritiladi) tomonidan amalga oshiriladi. Markaziy boshqaruv organlarini va diniy taʼlim muassasalarini roʻyxatdan oʻtkazish Oʻzbekiston Respublikasi Adliya vazirligi tomonidan, mahalliy diniy tashkilotlarni roʻyxatdan oʻtkazish esa tegishincha Qoraqalpogʻiston Respublikasi Adliya vazirligi, viloyatlar va Toshkent shahar adliya boshqarmalari tomonidan amalga oshiriladi. Oʻzbekiston Respublikasi Adliya vazirligi diniy tashkilotlarning chet el fuqarolari boʻlgan xodimlarini (rahbarlarini), shuningdek ularning oʻz qaramogʻida boʻlgan oila aʼzolarini akkreditatsiya qilishni amalga oshiradi. Diniy tashkilotlarni roʻyxatdan oʻtkazganlik, diniy tashkilotlarning chet el fuqarolari boʻlgan xodimlarini, shuningdek ularning oʻz qaramogʻida boʻlgan oila aʼzolarini akkreditatsiya qilganlik uchun “Davlat boji toʻgʻrisida”gi Oʻzbekiston Respublikasi Qonunida belgilangan miqdorda davlat boji undiriladi. Diniy tashkilotni roʻyxatdan oʻtkazgan organ ushbu tashkilot faoliyatining ustav maqsadlariga va qonunchilikka muvofiqligi ustidan nazoratni amalga oshiradi.