Bojxona nazoratidan oʻtkazilishi lozim boʻlgan tovarlarni va transport vositalarini, hujjatlarni va shaxslarni aniqlash, shunday tovarlarga, transport vositalariga, hujjatlarga va shaxslarga nisbatan qoʻllaniladigan bojxona nazoratini oʻtkazish shakllarini va darajasini belgilash uchun bojxona organlari xavfni boshqarish tizimini qoʻllaydi. Xavfni boshqarish tizimining qoʻllanilish strategiyasi va taktikasini, axborot yigʻish va uni qayta ishlash, xavfni tahlil qilish va baholash, xavfni boshqarishga doir chora-tadbirlar ishlab chiqish va ularni amalga oshirish tartibini Oʻzbekiston Respublikasi Davlat bojxona qoʻmitasi belgilaydi. Xavfni boshqarish tizimining qoʻllanilish maqsadi quyidagilardan iborat: bojxona organlarining vakolatlari doirasida davlat xavfsizligini, insonning hayoti va sogʻligʻini himoya qilish, atrof-muhitni muhofaza qilish chora-tadbirlarini taʼminlash; yuqori xavfga ega boʻlgan sohalarga eʼtiborni jamlash va bojxona organlari tasarrufidagi mavjud resurslardan samarali foydalanilishini taʼminlash; tovarlar bojxona chegarasi orqali olib oʻtilayotganda bojxona operatsiyalarining oʻtkazilishini tezlashtirish; bojxona toʻgʻrisidagi qonunchilik buzilishlarining: a) turgʻun xususiyatga ega boʻlgan; b) bojxona toʻlovlarini toʻlashdan bosh tortish bilan bogʻliq boʻlgan; v) rioya etilishini taʼminlash bojxona organlari zimmasiga yuklatilgan boshqa turdagi bojxona nazoratiga daxldor boʻlgan koʻrinishlarini aniqlash, prognoz qilish va ularning oldini olish.