Agar amnistiya akti hukm qonuniy kuchga kirgunga qadar eʼlon qilingan boʻlsa, uni qoʻllash masalasi hukm chiqargan sud tomonidan hukmni ijro etishda yuzaga kelgan noaniqlik sifatida (JPK 541-moddasi birinchi qismi ), mahkum tomonidan unga nisbatan amnistiya aktini qoʻllash toʻgʻrisida iltimosnoma berilganligi yoki berilmaganligidan qatʼiy nazar, koʻrib chiqilishi lozim. Agar amnistiya akti hukm qonuniy kuchga kirgandan soʻng, lekin u ijroga qaratilgunga qadar (JPK 528-moddasining toʻrtinchi qismi ) eʼlon qilingan boʻlsa, amnistiya aktini qoʻllash masalasi amnistiya aktida belgilangan tartibda hal etiladi. Amnistiya akti hukm qonuniy kuchga kirgan va ijroga qaratilganidan keyin eʼlon qilingan hollarda, uni qoʻllash toʻgʻrisidagi masala JPK 536-1-moddasida belgilangan tartibda mahkum jazo oʻtayotgan joydagi sud tomonidan koʻrib chiqilishi lozim.